在天地坛被摧毁后，玉龙玉岛两国都恢复了和平。人们认为邪恶势力已经消失了，都安居乐业的生活。
问天成了世界的英雄，收到大家的称赞。铁心也想找个机会去南宫城和问天见面。阿雪则去了天山上修炼。阿孝回到了自己的父亲那里。武勇去各地寻找妖火。问雅却在家中和问天在一起，玉岛国的事交给了灵剑双子和他们的父亲宗主来掌管。神兵小将再一次各自回到了自己应在的地方。
就这样相安无事的过了一年，铁心终于偷溜出东方海阁，找了个借口骗过了南宫逸，住进了南宫城。问天也渐渐感觉到大家也是该休息一下了。但罪与罚两人却不同意。“问天，你记住。世界的阴阳是平衡的，如果正义抢过邪恶，平衡就会被打破。新的邪恶就要诞生。要多加注意。”两个人都这样劝告问天，“没事的！”问天总是这样回答，此时的问天已经彻底领悟了另外两种阶段——虚妄与无极。觉得自己可以打败更多的邪恶力量了，便放下心来。但事与愿违，果然，事情发生了。
“问天，快点到元首宫一趟！”水晶球中突然响起了女元首的声音。“怎么了！？”问天感到奇怪，不是元始天魔被封印了？“是魔界的行动，神域被攻占了，他们的下一个目标可能是地界！”“好！我马上来！”问天意识到这次的敌人不一般，抓起衣服就冲了出门，正好和来送饭的铁心撞个正着。“怎么了？问天。干嘛这么急？”铁心被撞的晕头转向。“快叫凤凰来带我们去元首宫，出大事了！”问天急急忙忙的跑到了门口，“快来，路上和你解释！”“奥！”铁心一头雾水，但还是跟上去了。“问雅！出发了！”问天在问雅的房间门口，一阵大叫。“哥哥，怎么了。。。。”还没等问雅说完，问天就把问雅拽上了凤凰。凤凰起飞，目标：元首宫！
“嗯？”正在各地收集妖火的武勇也听到了水晶球里的消息。“好！我马上来！”武勇此时已经不同于一年前了，“问天，这回我一定要打败你！”武勇收集到了两种妖火——炼狱黑炎和幻之煌火。“炎狮，咱们走！”武勇一个箭步跨上炎狮，向元首宫出发！
正在阿雪修炼时，水晶球响了。“啊！看来有大事了！”阿雪这时已经回到了北冥山庄，继承了父亲北冥正的位置，成为了北冥山庄最年轻的庄主，因医术高超和济世救人的胸怀，被世人尊称为“医圣”。“十方明亮！走，去元首宫！”阿雪跨上十方明亮，“好的！庄主！”十方明亮飞上了天空。向元首宫出发。
“太虚兽！咱们走！”阿孝听到了女元首的召集，乘上太虚兽，立刻赶往元首宫。
“爸爸！女元首召集神兵小将去元首宫。我们也去！”梦灵向宗主请求道。“好的！带上子剑兽，你们乘女娲星船，出发吧！”灵剑双子也成长了不少，梦灵继承了玉燕的子剑兽，阿莎则为了提升速度，学了一种类似于当年神域七星中铭一样的空间术。时隔一年，女娲星船再次出发！“元首宫！出发！”
仅仅一天，久违了一年的神兵小将们，再一次聚在了一起。但这次的敌人要强大许多。
“神兵小将们！”女元首走了出来，“这一次的敌人与众不同，他们是和神一般的战斗力，魔界的七邪帝。”问天他们对这些人已经是老对手了，还和其中的一人交战过。“神域已经沦陷！他们的力量显然更强了！神域沦陷后，接下来就是地界了。考虑到通往魔界的轮回通道只能进入很少的人，就选择了你们——神兵小将。你们是地界最强的战力！地界的命运再一次握在你们的手心中！”女元首将一卷地图交给问天，“问天，这是魔界的地图。你们从地界通往魔界的轮回通道进去，再从神域的轮回通道回到地界！”问天接过地图，点了点头。“这次没有支援，可谓是深入虎穴。女娲星船也不能陪伴你们进去了，各人选择一件较小的神兵兽，在进入轮回通道！”问天当然是天晶兽，铁心还是凤凰，武勇的炎狮虽然不小，但也得带着。问雅带着已经和锁魂玉融合的伤之痕。阿雪只好选择神农兽，将十方明亮留在了北冥山庄中。阿孝带着小太虚和水龙炮。灵剑双子带着子剑兽。在选择好神兵兽后，神兵小将再一次踏上征途。
“各位！整个世界，不是整个天界和地界的命运掌握在我们手上。神兵小将！出发！”问天一声令下，众人乘上星船，向轮回通道进发！