东都大学包括国学部、理学部、医学部、工学部、法学部、农学部等六大部。
其中，国学部下设文学、史学、哲学、社会人际学、教育、社会学、心理学等科目。是东都大学最大的学院之一。
理学部，包括数学、理学、化学、药学、药用化学、生命学、宇宙学、地球科学等，和其它学院一样，各科系既相互独立又相互交叉。
医学部，含有基础和临床两大科，同时还有新成立的东都大学医院，脑神经研究、免疫学研究设施，人体先天异常标本中心，综合解剖中心，动物实验设施等附属机构。
工学部，是东都大学最庞大的学部，研究领域涉及冶金、电气、自动化、航空、机械、原子能、土木建筑、化工、交通、信息工程等。附属机构暂时还没有，但是将会在三年内陆续建成。
农学部，研究农业、林业、牧业、及供农学研究、亚热带作物、水产、细胞培养、农业会计等等。
而法科学院则是教育法律、政治学、商学、金融学等。在此毕业的学生将来全部走上明国的高层政治岗位。
学校目前附近设施弱一些，只拥有校博物馆、图书馆。但是明国已经承诺将在五年内陆续完善东都大学的下属机构、研究所、天文台、观测所、实验室等等。